Después de quitarle la pulpa, el producto está pasteurizado dentro de aparatos de platas con recuperación de calor. Los zumos de cítricos corren el riesgo de ver su calidad deteriorada si son conservados demasiado tiempo a temperatura ambiente por culpa de las actividades enzimáticas y microbiológicas. Existen algunos inconvenientes con los zumos no pasteurizados : pérdida de turbidez, separación, gelatinización de los concentrados y fermentación microbiana.
Todos estos problemas pueden ser evitados gracias a la pasteurización térmica que puede también, debido a la termosensibilidad del zumo de cítricos, generar variaciones de gusto y de color. Así, la optimización de la pasteurización esta largamente ligada al objetivo del proceso. Los tratamientos térmicos se hacen a una temperatura comprendida entre 90°C y 95°C durante 15-60 segundos. Después de la pasteurización, el zumo puede a veces sufrir un tratamiento para privarlo de su sabor amargo.