Apres la dépulpation, le produit est pasteurisé dans des appareils à plaques à récupération de chaleur. Les jus d’agrumes risquent une dégradation qualitative s’ils sont gardés au delà du temps nécessaire à température ambiante à cause des activités enzymatiques et microbiologiques. On rencontre plus d’un inconvénient avec les jus non pasteurisés : perte de turbidité, séparation, gélatinisation des concentrés et fermentation microbienne.
Tous ces problèmes peuvent être évités grâce à la pasteurisation thermique qui peut aussi, à cause de la thermo-sensibilité du jus d’agrumes, provoquer des variations de goût et de couleur. Ainsi l’optimisation de la pasteurisation est fortement liée à l’objectif du processus. Les traitements thermiques se font à une température entre 90°C et 95°C pendant 15-60 secondes. Le jus après pasteurisation peut parfois subir si nécessaire un traitement pour le priver de sa saveur amère.